Livro Evolução Molecular: Um Estudo De Caso

"EVOLUÇÃO MOLECULAR: um estudo de caso" é o material que te faltava para entender como trabalham os Biólogos Teóricos e como usam as ferramentas matemáticas na elucidação de problemas complexos na natureza. Afinal de contas, nem todos os biólogos nasceram, exclusivamente, paras as atividades de campo ou para as atividades de bancada neh? Neste livro você continua a jornada no entendimento de como os princípios básicos da evolução se dão, à luz de genética de populações e da Bioinformática. Dessa vez, o autor descreve como resolveu o problema do "complexo de espécies" em populações de Lutzomyia longipalpis (vetor da Leishmaniose visceral) no Brasil. O autor também descreve com detalhes, todas as etapas envolvidas neste trabalho, desde a coleta do material, passando pela extração e amplificação de um gene "super conservado evolutivamente" até a análise das centenas de sequências usando metodologias multiagoritimicas. Você que é aluno de biologia (graduação e/ou Pós), ou já é um profissional Biólogo interessado em Evolução, ou até mesmo um candidato a um Mestrado ou Doutorado na área da Evolução, NÃO PODE DEIXAR DE LER ESTE LIVRO. Além de ser um estudo de caso, ele conta o percurso de 4 anos da vida de um cientista que trabalha com biologia Teórica. VENHA SE AVENTURAR CONOSCO PELAS ESTRADAS DA BIOLOGIA TEÓRICA. GARANTO QUE FICARÁ MARAVILHADO COM O QUE VOCÊ VAI DESCOBRIR. SUMÁRIO 1a. PARTE Um pouco de Evolução Molecular Evolução Molecular 11 Causas da Evolução Molecular 13 Mutações 13 Recombinação 16 Duplicação Gênica 16 Transferência Horizontal de Genes 18 Origem da Evolução das Macromoléculas 19 Evolução na Estrutura Proteica 23 Evolução da Estrutura Gênica 24 Adaptação Molecular 27 Filogenética Molecular 29 Reconstrução de Filogenias 30 Escolha dos Marcadores Moleculares 30 Homologia e Homoplasia 31 Distinção entre Homologias Derivadas e Ancestrais 32 Distinção entre Homologia por Duplicação ou por Especiação 33 Alinhamento das Sequências 34 Métodos de Reconstrução de Filogenia Molecular 35 Relógio Molecular 37 Bioinformática 39 O Que é a Bioinformática? 41 Um exemplo Prático do uso da Bioinformática 43 Genes do Sistema Imunológico Humano (HLA Complex) 43 Quais São os Genes HLA? 45 Entrez 47 Para análises Filogenéticas 53 Alinhamento das Sequências 53 Teste de Sinal Filogenético 55 Escolha do Modelo Evolutivo 57 Árvores de Máxima Verossimilhança 61 Consistência dos Ramos - Teste de Bootstrap (Felsenstein, 1985) 65 Análises de Estruturação Genética 67 Matriz de FST 67 Analise Filogeográfica 69 Teste de Mantel 71 Rede de Haplótipos (Genética Evolutiva Espacial) 72 Análises de Variância Molecular - AMOVA 74 Análises de Expansão Demográfica e Espacial 74 Autocorrelação Espacial 75 Estruturação Genética 76 Referências Bibliográficas 78 2ª PARTE - Abordagem multi-algorítimica Lista de ilustrações 85 Lista de Tabelas 91 Lista de Abreviaturas, Siglas e Símbolos 93 Resumo 95 1. Introdução 97 2. Revisão da Literatura 99 2.1 Leishmaniose Visceral Americana 99 2.2 Flebotomíneos 100 2.3 Lutzomyia longipalpis 103 2.4 Lutzomyia longipalpis pertence, de fato, a um complexo de espécies crípticas? 105 2.5. Algoritmos evolutivos 106 2.6. Algoritmos evolutivos e sua associação aos algoritmos probabilísticos no estudo de complexos de espécies. 108 2.7. Testes usando a Teoria Neutra 111 2.7.1.Teste de Homozigose de Ewens-Watterson 113 2.7.2. Expansão Espacial 114 2.8. Estrutura populacional inferida pela 117 Análise de Variância Molecular (AMOVA) 2.9. Teste de Mantel 119 2.10. A Escolha do marcador: o gene period (per) em estudos de complexos de espécies. 121 3. Objetivos deste trabalho 127 4. Metodologia utilizada 129 4.1. Conjunto de dados 129 4.2. Análises de estruturação genética 132 4.3. Análises filogenéticas 133 5. Resultados Alcançados 135 5.1. Propriedades gerais dos fragmentos do gene period (per) de Lu. longipalpis 135 5.2. Análises de distância genética 139 5.3. Análises de estruturação genética 146 5.4. Análises filogenéticas e genético-populacionais 148 5.4.1. Filogenia dos morfotipos 1S e 2S 148 5.4.2. Análise de variância Molecular (AMOVA) 152 5.4.3. Correlação entre expansão demográfica e espacial 156 5.4.4. Análises da diversidade molecular 162 5.4.5. Analise do efeito de expansão populacional 167 6. Discutindo os resultados 169 7. Conclusões e considerações 175 8. Referências Bibliográficas 177 9. Anexos 199